Szacowania cenowego na usługi sekwencjonowania 117 bibliotek RRBS (ang. reduced representation bisulfite sequencing) wraz z usługami dodatkowymi

Szanowni Państwo,

Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu Collegium Medicum im. L. Rydygiera w Bydgoszczy zamierza udzielić zamówienia publicznego na wykonanie „usługi sekwencjonowania 117 bibliotek RRBS (ang. reduced representation bisulfite sequencing) wraz z usługami dodatkowymi”, realizowanej w ramach projektu „Badania nad genetycznymi, epigenetycznymi, transkryptomicznymi i proteomicznymi mechanizmami regulującymi oporność owiec na lentiwirusa małych przeżuwaczy” (umowa NCN 2020/39/I/NZ9/01304) finansowanego przez Narodowe Centrum Nauki.

Opis minimalnych wymagań dotyczących usługi:

1. Kontrola jakości dostarczonych 117 prób - bibliotek RRBS przygotowanych przy użyciu zestawu odczynników firmy Zymo Research. Zleceniobiorca przeprowadzi analizę ilościowo-jakościową dostarczonych prób co najmniej za pomocą urządzenia Bioanalyser 2100 firmy Agilent (lub równorzędnego). Zleceniodawca zostanie poinformowany o wynikach kontroli jakości w osobnym raporcie przed podjęciem decyzji o dalszym procedowaniu próbek.
2. Pulowanie bibliotek polegające na przygotowaniu 9 mieszanin (tzw. puli) bibliotek. W skład każdej takiej mieszaniny (puli) ma wchodzić materiał z 13 przygotowanych bibliotek RRBS w proporcjach równomolarnych. Przy multipleksowaniu bibliotek należy wziąć pod uwagę instrukcje firmy Zymo Reserach (producenta zestawu do przygotowania bibliotek RRBS) odnośnie możliwości łączenia indeksów.
3. Wykonanie kontroli jakości przygotowanych mieszanin bibliotek (puli) minimum na urządzeniu Bioanalyser 2100 firmy Agilent (lub równorzędnym). Zleceniodawca zostanie poinformowany o wynikach kontroli jakości w osobnym raporcie przed podjęciem decyzji o dalszym procedowaniu próbek.
4. W razie obecności pików niespecyficznych o długości <130 nt Zleceniobiorca wykona oczyszczenie każdej zanieczyszczonej puli i ponowne przeprowadzi kontrolę jakości dla tej puli. Zleceniodawca zostanie poinformowany o wynikach kontroli jakości w osobnym raporcie przed podjęciem decyzji o dalszym procedowaniu próbek.
5. Sekwencjonowanie genomowe każdej z 9 przygotowanych puli bibliotek na platformie AVITI (Element Biosciences) w trybie 2 x 75 nt z wykorzystaniem komór przepływowych (tzw. flowcell) High 2 x 75 nt.
6. Sekwencjonowanie po min. 30 milionów odczytów sparowanych/bibliotekę, jakość odczytów minimum Q30≥85%.
7. Przygotowanie raportu podsumowującego przebieg sekwencjonowania obejmującego informacje na temat metody i procedury sekwencjonowania, informacje odnośnie samego przebiegu sekwencjonowania.
8. Opracowanie statystyczne surowych danych z sekwencjonowania pozwalające na ocenę jakości sekwencjonowania i pokrycia próbek. Surowe dane muszą być poddane kontroli jakości, która obejmować będzie co najmniej: przycinanie i filtrowanie odczytów o niskiej jakości i zawierających sekwencje adaptorowe, analizę jakości uzyskanych odczytów Q20 i Q30, rozkład wskaźnika błędu, dystrybucję par GC oraz poszczególnych zasad. Zleceniobiorca przygotuje pliki wynikowe w formacie fastq.
9. Transfer elektroniczny wyników zabezpieczonych hasłem lub przesyłka dysku twardego z danymi.
10. Wszystkie analizy powinny być wykonane na tej samej platformie i przy użyciu tych samych odczynników przez cały okres trwania umowy.
11. Wykonanie części lub całości usług nie może być zlecane podwykonawcom.
12. Termin realizacji zlecenia dla każdej partii wynosi do 8 tygodni kalendarzowych od dnia pozytywnego przejścia kontroli jakościowo-ilościowej przez przesłane próbki potrzebne do wypełnienia jednej z 9 komór przepływowych.
13. Przewidywana ilość prób w czasie trwania umowy będzie wynosiła 117 bibliotek typu RRBS.
14. Firma musi posiadać przedstawiciela w Polsce.
15. Laboratorium musi posiadać co najmniej certyfikację European Molecular Quality Network (EMQN) w zakresie sekwencjonowania metodą nowej generacji (NGS).
16. Do Zleceniobiorcy w celu wykonania usługi przesyłane będą biblioteki RRBS o minimalnych parametrach: - stężenie: ≥5 ng/μl lub 10-20 nM/bibliotekę, - objętość: ≥ 20 μl, - minimalna długość biblioteki (insert + adaptory): 130 pz, - maksymalna długość biblioteki (insert + adaptory): zgodna z zaleceniami producenta zestawu użytego do przygotowania bibliotek.
17. Transport próbek kurierem do laboratorium.

Koszty przesyłek (max. 5 przesyłek, 10 kg każda) zawierających przygotowane próby (biblioteki RRBS), pokrywa Zleceniobiorca. Planowany termin wysłania próbek: sierpień-grudzień 2025 roku

Aby oszacować wartość zamówienia, zwracamy się z prośbą o podanie kosztów realizacji wykonania usługi w przeliczeniu na jedną próbę. Przewidywana liczba prób: 117.

Niniejsze zapytanie ma na celu wyłącznie rozeznanie cenowe rynku oraz uzyskanie wiedzy na temat kosztów związanych z planowanym zamówieniem publicznym.

Jeżeli realizują Państwo usługi zgodnie z załączonym opisem przedmiotu zamówienia, zwracam się z uprzejmą prośbą o odesłanie do dnia 24.07.2025 r. na adres e-mail karolina.czajkowska@cm.umk.pl wypełnionego formularza cenowego.

Zapytanie ma na celu określenie wartości szacunkowej niezbędnej do przeprowadzenia postępowania o udzielenie zamówienia publicznego zgodnie z przepisami ustawy Prawo zamówień publicznych i nie stanowi oferty w myśl art. 66 Kodeksu Cywilnego, jak również nie jest ogłoszeniem w rozumieniu ustawy Prawo zamówień publicznych.

Rozeznanie cenowe.docx344.1 KB

Formularz cenowy.docx339.04 KB