Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu Collegium Medicum im. L. Rydygiera w Bydgoszczy zamierza udzielić zamówienia publicznego na wykonanie „usługi sekwencjonowania 160 bibliotek przygotowanych z frakcji smallRNA wraz z usługami dodatkowymi” realizowanej w ramach projektu „Badania nad międzypokoleniowym oraz wielopokoleniowym fenotypowym i epigenetycznym efektem stymulacji in ovo zarodka kury” (umowa NCN UMO-2020/37/B/NZ9/00497) finansowanego przez Narodowe Centrum Nauki.
Opis minimalnych wymagań dotyczących usługi:
- Kontrola jakości oraz ilości dostarczonego materiału (bibliotek przygotowanych z frakcji smallRNA). Zleceniobiorca dokona pomiaru ilości dostarczonych bibliotek za pomocą fluorymetru Qubit (lub równorzędnego urządzenia) oraz dokonanie oceny integralności materiału za pomocą urządzenia Bioanalyser 2100 firmy Agilent (lub równorzędnego). Zleceniodawca zostanie poinformowany o wynikach kontroli jakości w osobnym raporcie przed podjęciem decyzji o dalszym procedowaniu próbek.
- Przygotowanie czterech mieszanin bibliotek (tzw. lane mix). W skład każdej takiej mieszaniny ma wchodzić materiał z 40 przygotowanych bibliotek smallRNA w proporcjach równomolarnych. Przy multipleksowaniu bibliotek należy wziąć pod uwagę instrukcje firmy Lexogen (producenta zestawu do przygotowania bibliotek smallRNA) odnoście możliwości łączenia indeksów.
- Wykonanie kontroli jakości przygotowanych mieszanin bibliotek (lane mix) minimum na urządzeniu Fragment Analyzer System 5400 lub Bioanalyser 2100 firmy Agilent (lub równorzędnym). Zleceniodawca zostanie poinformowany o wynikach kontroli jakości w osobnym raporcie przed podjęciem decyzji o dalszym procedowaniu próbek.
- Oczyszczenie każdej z czterech mieszanin 40 bibliotek (lane mix) z pików niespecyficznych i pozostałości dimerów adaptorów metodą wycięcia piku o długości 143pz z żelu po rozdziale elektroforetycznym mieszaniny w żelu poliakrylamidowym lub agarozowym i wyizolowanie cDNA z wyciętego fragmentu żelu.
- Każda mieszanina ma być sekwencjonowania w jednym paśmie komory przepływowej (tzw. flowcell). Sekwencjonowanie ma być wykonane w technologii Illumina SR90 (pojedyncze odczyty), minimum 400 M odczytów na jedno pasmo komory przepływowej, minimum 10M odczytów na bibliotekę (razem sekwencjonowanie 160 prób w 4 pasmach komory przepływowej).
- Przygotowanie raportu podsumowującego przebieg sekwencjonowania obejmującego informacje na temat metody i procedury sekwencjonowania, informacje odnośnie samego przebiegu sekwencjonowania oraz opracowanie statystyczne pozwalające na ocenę jakości sekwencjonowania i pokrycia próbek.
- Wykonanie analizy bioinformatycznej dla 160 prób obejmującej co najmniej:
- proces kontroli jakości (QC) surowych odczytów, który obejmuje co najmniej; usuwanie odczytów o niskiej jakości, przycinanie adapterów na końcu 3’, usuwanie odczytów o niskiej złożoności, usuwanie krótkich odczytów o długości poniżej 18 nukleotydów;
- mapowanie odczytów do genomu referencyjnego kury (Gallus gallus) wraz z statystykami mapowania (liczba wprowadzonych odczytów, liczba odczytów zmapowanych na dojrzałe miRNA, liczba odczytów zmapowanych na prekursory miRNA (hairpin miRNA), łączna liczba zmapowanych odczytów);
- analizę złożoności miRNA oraz rodzajów RNA (wykresy);
- analizę zróżnicowanej ekspresji dojrzałych miRNA oraz prekursorów miRNA (hairpin miRNA) w programie DESeq2 wraz z zestawianiem tabelarycznymi wyników i wykresem typu MA plot;
- analizę głównych składowych dla dojrzałych miRNA oraz prekursorów miRNA (hairpin miRNA) wraz z wykresem.
- Dostawa danych przez chmurę lub na dysku.
- Wszystkie analizy powinny być wykonane na tej samej platformie i przy użyciu tych samych odczynników przez cały okres trwania umowy.
- Wykonanie części lub całości usług nie może być zlecane podwykonawcom.
- Maksymalny czas wykonania usługi to 42 dni kalendarzowe od dnia, w którym przesłane biblioteki smallRNA do wypełnienia jednego pasma komory przepływowej poprawnie przejdą kontrolę jakości.
- Laboratorium musi posiadać certyfikację ISO 9001. Do Zleceniobiorcy w celu wykonania usługi przesłane będą biblioteki przygotowane z frakcji smallRNA z tkanek kury (Gallus gallus) z wykorzystaniem zestawu odczynników firmy Lexogen (Small RNA-Seq Library Prep Kit for Illumina, Lexogen, Austria).
- Maksymalna objętość pojedynczego roztworu biblioteki 18ul, stężenie > 5 nmol/l.
Przewidywana ilość prób w czasie trwania umowy będzie wynosiła 160 bibliotek przygotowanych z frakcji smallRNA. Próbki będą wysłane do Zleceniobiorcy w max. 4 partiach (planowany termin wysłania próbek: maj-grudzień 2025 roku).
Koszty przesyłek (max. 4 przesyłki) zawierających przygotowane biblioteki smallRNA (10 kg każda przesyłka) pokrywa Zleceniobiorca.
Aby oszacować wartość zamówienia, zwracamy się z prośbą o podanie kosztów realizacji wykonania usługi w przeliczeniu na jedną próbę. Przewidywana liczba prób: 160.
Niniejsze zapytanie ma na celu wyłącznie rozeznanie cenowe rynku oraz uzyskanie wiedzy na temat kosztów związanych z planowanym zamówienie publicznym.
Jeżeli realizują Państwo usługi zgodnie z załączonym opisem przedmiotu zamówienia, zwracam się z uprzejmą prośbą o odesłanie do dnia 03.04.2025 r. na adres e-mail karolina.czajkowska@cm.umk.pl wypełnionego formularza cenowego.
Zapytanie ma na celu określenie wartości szacunkowej niezbędnej do przeprowadzenia postępowania o udzielenie zamówienia publicznego zgodnie z przepisami ustawy Prawo zamówień publicznych i nie stanowi oferty w myśl art. 66 Kodeksu Cywilnego, jak również nie jest ogłoszeniem w rozumieniu ustawy Prawo zamówień publicznych.
